Движение Раджа Сулайман
Филипинската организация Раджа Сулайман е основана от Ахмед Сантос през 1991 година. Неслучайно силите на Раджа Сулайман са съставени предимно от филипински християни, приели исляма. Рожденото име на Ахмед Сантос е Иларион дел Росарио Сантос III. Той приема исляма докато работи в Саудитска Арабия през 1991 година. Той е арестуван няколко пъти заради съмнения, че участва в планиране на атаки, като в момента се намира в затвор във Филипините, след като през 2004 в дома му са намерени експлозиви и планове за терористични атаки. Смята се, че той е предаден отвътре – по данни на полицията са дадени 500 000 долара на двама филипинци, които са споделили данни за местонахождението на Сантос.
В момента Раджа Сулайман е основна сила в конфликта във Флипините, като бойците на групировката са обучавани и финансирани от свързаните с Ал Кайда организации Абу Саяф и Джемаа Ислямия. Движението носи името на Раджа Сулайман III, мюсюлмански лидер от Манила, живял през 16 век, който се е сражавал срещу испанците по време на колонизацията на Филипините.
Джамаа Ислямия
Ислямистката групировка разполага с над 5000 бойци и действа на територията на Индонезия, Филипините, Сингапур и Тайланд. Основната цел на организацията е налагането на ислямска държава в Югоизточна Азия. През 2002 година е обявена за терористична организация с резолюцията на ООН.
На първо време Джамаа Ислямия е транснационална организация с клетки в Тайланд, Сингапур, Малайзия и Филипините. Това означава, че въпреки малкото бойци, организацията може да нанася удари с терористични атаки. Една от тези атаки беше през 2002 в Бали, други през 2003 в хотел „Мариот“ в Джакарта, атентата срещу австралийското посолство в Индонезия през 2004, през 2005 отново в Бали, когато загиват 20 души, а над 100 са ранени, през 2009 в хотел „Риц-Карлтън“ и „Мариот“.
Джамаа Ислямия е основана през 1993 година и е наследник на антиколониалното движение Дарул Ислям, действащо през 1940-те години в Индонезия. От 1969 двама от последователите на Дарул Ислям опитват да съживят дейността на движението, но неуспешно – Абу Бакър Башир и Абдуллах Сунгкар са арестувани от индонезийските власти по време на програма за прочистване на крайни фракции, водена от президента Мохамед Сухарто. След освобождаването му, Башир и неговите последователи заминават за Малайзия през 1982 година, където набират бойци от Малайзия, Сингапур и Филипините. Горе-долу в този период групата започва да се нарича Джамаа Ислямия, но официално е основана в началото на 1993 от Абу Бакър Башир и Абдуллах Сунгкар, докато се укриват от индонезийското правителство. Когато пада правителството на Сухарто през 1998 година, двамата се връщат в Индонезия, а Сунгкар осъществява връзка с Ал Кайда на Осама бин Ладен. Насилствените операции на организацията започват при избухването на местните конфликти в Малуку и Посо. През 2004 Башир създава Индонезийския съвет на муджахедините, за да свърже различни ислямистки групировки. Тренировките, финансирането и оперативните връзки между Джамаа Ислямия и други групи като Ал Кайда, Абу Саяф, Раджа Сулайман и Ислямския фронт за освобождение, съществуват с години. Много от лидерите на Джамаа Ислямия са или арестувани, или убити от индонезийските антитерористични части, Отряд 88.
Абу Саяф
Една от най-ефективните групировки във Филипините е джихадистката организация Абу Саяф, базирана на островите Голо и Басилан в югозападната част на страната, където повече от четири десетилетия групи на народа моро се сражават за независимост.
Абу Саяф е смятана за особено жестока организация и е отговорна за едни от най-кървавите терористични атаки на Филипините. При един от атентатите през 2004 година, загиват близо 120 души. Към 2012 се смята, че бойците на групировката са около 300 (1250 през 2000 година), но малкият брой активни бойци се допълва от огромната терористична мрежа, с която се предполага, че разполага Абу Саяф.
Групировката се финансира през частни донори, но и с отвличания, трафик на наркотици. Един от съюзниците на джихадистите е организацията 14К – група триади, базирана в Хонг Конг, която е втората по големина престъпна организация на триадите с над 25 000 членове. Лидери са Абдуджик Джанджалани, Хадафи Джанджалани, Радулан Сахирон, Иснилон Хапилон и Махмур Джапури, от които живи към момента са единствено Хапилон и Сахирон. Въпреки че организацията години наред е сътрудничела с Ал Кайда, през 2014 година се присъединяват към „Ислямска държава“.
Ислямски бойци за свобода на Бангсаморо
В конфликта между моро и филипинското правителство, който продължава вече четиридесет години, действат редица играчи. Един от тях е организацията Ислямски бойци за свобода на Бангсаморо, базирана в Минданао и основана от Америл Умбра Като. Бангсаморо е автономен район, установен след постигане на примирие между Ислямския фронт за осовобождение и филипинското правителство след 14-годишен мирен процес.
През 2008 Като се отцепва от Ислямския фронт за освобождение, които се съгласяват на само на автономия за моро и основава своята група. Според правителството на Филипините „Бангсаморо“ разполагат с около 400 бойци, но според самата групировка, силите й са около 5000 души.
Ислямски фронт за освобождение на Mоро
Ислямския фронт за освобождение е сепаратистка организация във Филипините, бореща се за автономия на народа моро от централната власт в Манила, действаща в югозападната част на страната. В миналото опонент на организацията е правителството на Филипините, но днес координират действията си срещу Абу Саяф и Ислямските бойци за свобода на Бангсаморо.
Нова народна армия (ННА)
ННА е въоръженото крило на Филипинската комунистическа партия (ФКП), създадено през 1969 г. Основната цел на организацията, която е подчинена на маоистката идеология, доминираща комунистическото движение на Филипините е, да предизвика народна война, която да доведе до диктатура на пролетариата.
Към 2014 г., числеността им е оценена на 3 200 бойци. Организацията се намира под покровителството на Китай, от където получава редовни доставки на оръжие и боеприпаси. През годините икономическата база на ННА се е променила значително, като през последните години все повече се доближава като методика на финансиране до мафиотските организации от тази част на света, като например китайските Триади.
Рекетът, изнудването и трафика на оръжие, наркотици и стоки са се превърнали в основни пера в приходите на организацията, която разчита и на дарения от местни бизнесмени, получени доброволно или чрез принуда. Управленската структура на ННА е тясно свързана с тази на ФКП. Начело на цялата организация стои политбюро, съставено от осем души, което надзирава 26-членен ЦК. Главата на комунистическата йерархия е Хосе Мария Сисон, който в момента се намира в Нидерландия, където процесите срещу него се подновяват периодично. На ниво бойни единици, ННА разполага с два основни типа формирования – SYP – звена от 8-15 бойци, занимаващи се с инфилтрация, пропаганда, подривна дейност и убийства и RPM – отряди от 50-100 бойци, който са гръбнака на полевата военна структура, защитавайки зоните, контролирани от ННА , както и военните им бази в джунглите и планинските райони. В по-специални ситуации, организацията създава „клетки-лястовици“, от 3-5 души, които да извършват убийства с висок профил в градска среда.
Групата Мауте
Радикална ислямистка група, която се състои от бивши бойци от Ислямски Фронт за Освобождение на Моро, както и чуждестранни бойци, пристигнали във Филипините по линия на Ислямска държава. Групата се смята за клон на Даеш във филипините и действа съвместно с Абу Саяф. Макар и малочислени, техните звена оперират успешно в рамките на провинция Ланао дел Сур на о. Минданао. През 2016г. има сигурни данни, че Мауте и ИФОМ са използвали едни и същи квартири и че техни бойци продължават да са в близки взаимоотношения.